La Fiscalia General del Estado ha comenzado una pesquisa en contra del expresidente Evo Morales y el exvicepresidente Álvaro García Linera por posibles delitos de asesinato, tortura, vejaciones y privación de libertad, todos vinculados al operativo llevado a cabo el 16 de abril de 2009 en el Hotel Las Américas, en Santa Cruz. Esta denuncia fue presentada por miembros de la alianza Libre, quienes señalan que ambos ocupaban posiciones de alta responsabilidad en el momento de la intervención.
El resurgir del caso se debe a las declaraciones de Morales el mismo día del operativo, donde manifestó que había dado "instrucciones precisas" al entonces vicepresidente para realizar una operación policial destinada a capturar a un grupo que se les acusaba de separatismo. Esta afirmación se considera relevante para el caso, aunque no es, por sí sola, una prueba concluyente de culpabilidad.
En la intervención policial, tres personas perdieron la vida: Eduardo Rózsa, Michael Dwyer y Árpád Magyarosi. Por su parte, Elöd Tóásó y Mario Tadić fueron arrestados. En 2024, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos llevó este caso a la Corte Interamericana de Derechos Humanos, alegando violaciones de derechos humanos durante el operativo, incluyendo la muerte de Dwyer y las denuncias realizadas por los sobrevivientes.
Evo Morales ha defendido su actuación en el operativo, argumentando que su intención era proteger la unidad territorial de Bolivia. Además, ha declarado que estará dispuesto a defenderse personalmente si se procede con un juicio de responsabilidades en su contra. La investigación está en sus primeras fases y aún debe determinar si hay suficientes elementos que justifiquen avanzar con un proceso legal; actualmente, no existe condena penal contra el exmandatario por estos hechos.